Великий магистр
избирался пожизненно, имел решающий голос во всех орденских делах, осуществлял назначения на должности, присваивал почетные звания. Обладая широкими правами, он отчитывался в своих действиях только папе, хотя не мог не считаться с решениями Священного капитула (конвента). Утвержденные им законы и рекомендации исходили из положений католического права. Древние правила дополнялись или упразднялись в зависимости от условий, вслед за какими-то событиями либо в связи с обстоятельствами. Со сменой эпох изменялись взаимоотношения ордена с другими государствами и организациями. Не вечными оказались и дарованные папами привилегии, которых за долгую историю братства накопилось немало.
Гроссмейстеру разрешалось каждые пять лет выделять командорство кому-нибудь из рыцарей, взимая респонсию и самовольно распоряжаясь полученными деньгами. Исполнительную власть в ордене осуществлял подчиненный капитулу совет, состоящий из великого магистра, столпов (глав языков), приоров и бальи. Носители всех этих титулов были кавалерами Большого креста. В отличие от малого, серебряного, полагавшегося каждому посвященному рыцарю, он был золотым и носился на цепи из того же металла или на черной ленте. Над Большим крестом обычно располагались дополнительные символы, например золотая корона и родовой герб. С середины XVII века серебро в малых крестах заменила белая эмаль, а углы стали украшаться рисунками, преимущественно с изображением лилий.
К посвящению в рыцари допускались только члены утвержденных языков. Прежде чем начать подготовку к вступлению в братство, кандидат вносил в казну пассаджо, как в Средневековье называли сумму, которую рыцарь получал от паломника за охрану на пути в Иерусалим. Приезжая на Мальту 12-летним подростком, будущий иоаннит три года служил пажом гроссмейстера, а затем возвращался домой. Отметив 16-летие, он вновь прибывал на остров, чтобы в течение двух лет постигать премудрости бытия госпитальеров. Когда испытательный срок заканчивался, кандидат навещал семью и заодно
успевал послужить в свите своего короля. Вместе с благоприятным отзывом о службе он обретал надежду на вступление в Мальтийский орден. Церемония посвящения проходила в Валлетте, в церкви при-орства, и всегда начиналась с отпущения грехов. Держа в руке горящую свечу как символ благочестия, посвящаемый слушал мессу, затем приводился к причастию, отвечая на вопросы о наличии жены, долгах, доказывал, что не является рабом. Если ответы не вызывали сомнения, священник провозглашал юного рыцаря «служителем
господ бедных и больных», а затем возлагал на его плечи красную мантию с восьмиконечным мальтийским крестом. Наибольшими преимуществами в организации обладали так называемые рыцари по праву, занимавшие самые высокие должности. Перед вступлением в орден каждый из них доказывал свое благородное происхождение по 8 поколениям. Вдвое больше голубой крови требовалось от немцев и вдвое меньше — от испанцев и итальянцев.
Рыцарями по милости становились простолюдины, принятые в организацию в виде
исключения за ратные подвиги. В то время как орденские
Доспехи мальтийского рыцаря священники (капелланы) занимались духовными делами, менее почетную, военную, службу несли оруженосцы (позже донаты), а еще более низменные обязанности лежали на плечах братьев-хозяйственников. Донатов отличал одноименный знак в виде полукреста без верхней ветви. В мальтийский период членами ордена также являлись рыцари благочестия, от которых не требовались монашеские обеты. Кресты благочестия нередко вручались женщинам.
Первые 5 лет каждый рыцарь жил в общежитии (оберже), ежедневно съедая вместе с братьями положенные 400 г мяса, 6 хлебцев и запивая скудную трапезу кружкой вина. В праздник надоевшее мясо заменялось рыбой и яйцами. Орденское одеяние почти не изменилось со времен Жерара де Торна: мальтийские кавалеры носили красный супервест, черный орденский плащ и красивые доспехи под названием «кираса рыцаря».
Известные своим вздорным нравом братья нередко ссорились между собой. Для разрешения внутренних конфликтов в ордене имелся собственный суд, работавший на основе выборных коллегий различного уровня. Вначале спорный вопрос решался 7 простыми рыцарями, составлявшими эгар (от франц. egard — «внимание»). Незаконченное дело передавалось в усиленный эгар, где заседали 14 судей. Если вердикт вновь не устраивал истца или ответчика, состав суда увеличивался втрое. Рыцари не казнили своих братьев и не желали, чтобы преступник томился за решеткой. Самым строгим наказанием было исключение из ордена, о чем мог объявить лишь эгар бальи, но его решение считалось окончательным. Разжалованный госпитальер снимал форму, отдавал кресты и, склонив голову, публично признавал вину. Каждый изгнанник имел право вернуться, о чем нужно было попросить собрание, куда грешник являлся с веревкой на шее, в платье мирянина, а иногда и в рубахе, надетой на голое тело. Вслед за покаянной речью следовало повторное, чаще
положительное посвящение, которое непременно сопровождалось фразой: «Прими во второй раз ярмо Господа нашего, ярмо, носимое легко и радостно, да поможет оно спасению твоей души!».
Давая обеты, рыцарь отказывался от собственного «я», соглашаясь стать «одним из многих», сильным, но незаметным среди других элементом мощной военной организации. От него требовалось беспрекословное подчинение даже в тех случаях, когда от личной инициативы зависели жизнь и существование ордена. Известны случаи, когда братья, рискуя жизнью, спасали целые города, но суд за нарушение приказа приговаривал героев к изгнанию.
